
پس از مرگ محسن خان مشیرالدوله در ۱۲۷۸ خورشیدی، میرزا نصرالله خان نایینی به وزارت امور خارجه منصوب و لقب مشیرالدوله به وی اعطا شد. به دنبال آن مشیرالدوله فرزند خود میرزا حسن خان را به تهران فراخواند و لقب پیشین خود (مشیرالملک) و ریاست ادارهٔ بایگانی وزارت امور خارجه را به او داد. چندی بعد منشیگری مخصوص صدراعظم امین السلطان نیز به آن افزوده شد. با قرار گرفتن در مقام ریاست کابینه وزارت خارجه و همچنین منشی مخصوص صدراعظم توانست لقب پرتکرار مشیر الدوله را از آن خود کند. نخستین کار پیرنیا پس از ورود به وزارت خارجه، نوشتن نظامنامهٔ حق ویزا و سایر تصدیقات اتباع ایرانی خارج از کشور بود. سپس برای تربیت کادر سیاسی و کارکنان وزارت امورخارجه، با کمک پدرش و امینالسلطان و با جلب حمایت مظفرالدین شاه، «مدرسهٔ وزارتخانه» یا مدرسهٔ سیاسی را تأسیس کرد و خود معلم حقوق بینالملل در این مدرسه شد.
پیرنیا در سفرهای مظفرالدین شاه به فرنگ به عنوان منشی مخصوص صدراعظم و سپس به عنوان مترجم حضور داشت. وی در بازگشت موقتش به ایران شاهد ماجرای عزل اتابک بود.